Ternyata keju sudah diproduksi sejak zaman prasejarah. Masyarakat prasejarah pada zaman itu bergaya hidup nomaden, kebanyakan menjalani profesi dengan beternak kambing, domba, dan sapi.
Saat memerah susu hewan peliharaannya secara tidak sengaja susunya terkena sinar matahari secara langsung, sehingga suhu di dalam bejana menjadi asam dan kental. Namun ternyata susu itu masih bisa dimakan. Itulah pertama kalinya manusia menemukan keju krim asam.
Sementara itu, mitologi Yunani kuno mengklaim bahwa pencetus keju bernama Aristaeus pada tahun 800 sebelum masehi.
Pernyataan ini diambil dari tulisan homeros di tahun 77 masehi, Twin Alboor menulis Historia naturalis yang menyebutkan tentang kantal, yaitu keju yang terbuat dari susu sapi. Adapun disebut kantal karena berasal dari Pegunungan Kantal di Auvergne.
Kemudian kekaisaran Romawi memperkenalkan teknik pembuatan keju di seluruh Eropa. Dari sinilah keju dikenal banyak orang, sehingga teknik pembuatan keju berbeda di setiap daerah. Ada banyak macam keju zaman dahulu yang masih kita kenal sampai sekarang, yaitu keju cheddar di tahun 1500, keju parmesan di tahun 1597, dan keju Camembert di tahun 1791.
Pada abad ke 19 Ferdinand Cohn, seorang ilmuwan mikrobiologi yang lahir pada tahun 1828 melakukan pengamatan terhadap keju kemudian barulah terungkap bahwa proses pematangan keju diarahkan oleh mikroorganisme.
Sejak saat itu, pengetahuan tentang pembuatan keju semakin berkembang sehingga banyak peternak dan perusahaan yang memproduksi keju sendiri. Pabrik pembuatan keju pertama dibuka pada tahun 1815 di Swiss.
Namun di Amerika Serikat, keju menjadi sangat cepat perkembangannya. Sejak pabrik keju pertama dibuat, banyak bermunculan pabrik penghasil keju terbesar berada di Amerika dan Eropa.